Спасибо, я разобрался. Получается, что сертификаты Федерального агентства по туризму содержат только публичные ключи "шифрования с открытым ключом", по которым присходи рашифровка сообщений в ИС Электронная путевка, и необходимы, только если работаешь с локального компьютера с данной системой.
А для цифровой подписи запросов к веб-сервису электронной путевки требуется секретый ключ "шифрования с открытым ключом", который берем из квалифицированная ЭЦП нашей организации, а вам предварительно отправляем публичный ключ нашей ЭЦП, и данный алгоритм взаимодействия на этапе проработки.